Die fehlenden Kursbuch-Tabellen sind bei sowas in der Tat hinderlich.
Fangen wir also damit an, überhaupt alle Züge zu finden. Hierfür kann man sich über die Reiseauskunft behelfen (Verbindungssuche). Etwas übersichtlicher finde ich die Abfahrtsplan-pdfs, zu finden zum Beispiel hier:
https://www.bahnhof.de/berlin-spandau/fahrplan
Dann muss man natürlich wissen, dass alle ICE Hamburg <> Berlin in Hamburg Hbf und Berlin-Spandau halten. Auf diese Weise weißt du, welche DB-Züge unterwegs sind. Flixtrain, SJ EuroNight und Snälltåget haben Fahrplaninfos auf deren Website.
Bei 90 Minuten Fahrzeit ist die nächste Aufgabe, die Zwischenzeiten herauszufinden. Das ist gar nicht so schwer, da die Höchstgeschwindigkeit auf langen Strecken konstant ist und die Kilometrierung der Bahnhöfe bekannt ist (z. B. Wikipedia). Im Zweifel im Stellwerksim schauen, wie lange die ICE zwischen den Betriebsstellen Zeit haben.
Bleibt aber die Frage, wo die Züge ihre Fahrzeitreserve von gerne mal 10 Minuten abbummeln - gleichmäßig verteilt oder an bestimmten Stellen? Dafür sucht man nach den Überholungen im Nahverkehr. Dort wo ein Nahverkehrszug länger steht, wird er wahrscheinlich von einem Fernzug überholt. Die Durchfahrtszeiten der Flixtrains habe ich genau so herausgefunden: Mit gegebenen Fahrplänen von RE8 und RE1 gab es nur genau eine Möglichkeit, wann sie in Wittenberge und Ludwigslust durchfahren konnten. Wobei man beim RE8 aufpassen muss, da sind in Falkensee, Nauen und Bad Wilsnack gegenüber dem Fahrgast manchmal frühere Abfahrtszeiten genannt als die betriebliche.
Ich gehe davon aus, dass DB InfraGo dir keine Infos geben wird (Geschäftsgeheimnis DB Fernverkehr oder so ...). Drehscheibe Online weiß üblicherweise auch nicht die Durchfahrtszeiten aller Züge.