Moin,
im Normalfall ist es so, dass die Güterzüge etwa 100 km/h fahren, die Fernzüge (ICE, IC, EC) fahren 200 km/h. Die MEs sind mit etwa 150-160 km/h genau dazwischen, die MEr sind etwa so schnell wie die Güterzüge. Diese Geschwindigkeitsunterschiende merkt man natürlich, insbesondere bei Überholungen vom Fernverkehr. Außerdem ist die Streckenauslastung, wie in Realität auch, bei über 100% - es fahren also mehr Züge, als ein pünktlicher Betrieb zulässt. Das ganze ist recht originalgetreu

Bei Winter kommt noch dazu, dass einzelne Züge bis zu 40 km/h langsamer fahren, die 60 km/h sind also teils gar nicht so falsch.
Was die Verspätungen angeht: Die sind teilweise vom Nachbarn verursacht, teilweise übernommen (in Maschen sind einige Lokwechsel, bei denen die Lok von einem Zug aus dem Süden kommt - hat der Vorgänger Verspätung, hat es der Zug nach Süden also auch), teilweise auch zufällig erzeug - ist ein Stellwerk nicht besetzt, rechnet sich das System eine Verspätung aus, die je nach Thema zwischen -30 und +180 liegen kann (bei Sommer eher weniger (die Rangierer wollen nicht so lange in der Sonne arbeiten), bei Herbst und Winter eher mehr (da wird's rutschig). Das hängt also nur zum Teil an deinem Nachbarn in Maschen. Auch hier gilt - das ist recht realitätsgetreu.
Als kleiner Tipp: Um Überholungen zu planen eignet sich besonders das
Bildfahrplan-Plugin. Die Mühe, sich das einzurichten, lohnt sich auf jeden Fall.
Ich hoffe, ich konnte dir die Gedanken dahinter etwas erklären
Gruß,
DevonFrosch